ВУЗ був створений на базі ветеринарно-зоотехнічного факультету Київського політехнічного інституту та іменувався Київським ветеринарно-зоотехнічним інститутом. 1931 року він розділився на два: Київський зоотехнічний та Київський ветеринарний інститути. 1934 року Київський зоотехнічний інститут було переведено до Дніпропетровська і на його базі створено сільськогосподарський інститут із зоотехнічним та агрономічним факультетами та заочне відділення з тими ж факультетами.
Першим ректором Дніпропетровського сільськогосподарського інституту був професор М.О.Селех. У довоєнний час кафедри очолювали академік Ю.В.Чаговець, професори К.Н.Павловський, І.Н.Жевелєв та інші видатні вчені.
Під час війни значна частина студентів і викладачів інституту пішла на фронт, заняття було припинено, а обладнання евакуйовано на схід. Роботу свою вуз відновив лише 1 січня 1944 року.
1952 року в інституті було відкрито гідромеліоративний факультет, який проіснував лише 3 роки; відновлений він 1982 року. У наступні роки були відкриті економічний, зооінженерний факультети, факультет ветеринарної медицини. Нині вуз має 7 факультетів, понад 30 кафедр, на яких працює до 300 викладачів. 11 січня 1991 року інститут з чисто навчального закладу перетворено в навчально-науковий, у зв'язку з цим він отримав статус університету.
Нині при Дніпропетровському аграрному університеті працює науково-дослідний інститут агроекології, який займається проблемами рекультивації земель.